Đối với sinh vật nhân sơ thì vùng mã hóa chỉ có trình tự nucleotit mã hóa axít amin (gen không phân mảnh) nên mỗi gen chỉ phiên mã tạo ra duy nhất một loại mARN. Còn đối Gen ở tế bào nhân thực thì vùng mã hóa xen kẽ nhứng đoạn mã hóa (exon) là những đoạn không mã hóa (intron) hay còn gọi là (gen phân mảnh). Nên mỗi Gen phân mảnh có thể mã hóa nhiều loại mARN khác nhau, tùy thuộc vào số lượng đoạn exon có mặt trong mARN trưởng thành cũng như cách sắp xếp (hoán vị) giữa các đoạn exon với nhau sau khi đã cắt bỏ những đoạn intron.
Để hiểu rõ bản chất của vấn đền này chúng ta cùng nhau xem xét vì dụ sau:
Một gen có 5 đoạn exon và 4 đoạn intron. Trong điều kiện không có đột biến và mỗi phân tử mARN trưởng thành đều có đủ 5 đoạn exon thì gen này sẽ tạo ra tối đa bao nhiêu loại mARN?
Như chúng ta đã biết, ở gen phân mảnh, quá trình phiên mã sẽ tạo ra 1 loại mARN sơ khai, mARN sơ khai này có cả những đoạn exon xen kẽ những đoạn intron. Ngay sau khi phiên mã thì mARN sơ khai được gắn mũ 7 mêtyl Guanin vào đầu 5', gắn đuôi Pôli A vào đầu 3', cắt bỏ các đoạn intron và nối các đoạn exon để tạo ra mARN trưởng thành, mARN trưởng hành đi ra tế bào chất và trực tiếp tham gia vào quá trình dịch mã.
 |
| Cắt bỏ intron và nối các exon để tạo mARN trưởng thành |
Sự hoán vị các đoạn exon tạo ra được nhiều loại mARN khác nhau. Tuy nhiên do sự gắn mũ 7 Mêtyl Guanin vào đầu 5' và đuôi pôli A vào đầu 3' diễn ra trước lúc cắt bỏ intron và gắn các đoạn exon cho nên đoạn exon thứ nhất và đoạn exon cuối cùng luôn được giữ nguyên (đoạn exon thứ nhất mang mã mở đầu, đoạn exon cuối cùng mang mã kết thúc) và sự hoán đổi vị trí chỉ diễn ra ở đoạn đoạn exon ở giữa mạch. Như vậy, 5 đoạn exon thì có 3 đoạn exon được hoán đổi vị trí => sẽ tạo ra 3! (3 giai thừa) = 6 loại phân tử mARN trưởng thành.
Tuy nhiên không phải lúc nào phân tử mARN trưởng thành cũng có đủ các exon từ mARN sơ khai mà có nhiều trường hợp số exon ít hơn ít hơn. Do vậy để chặt chẽ thì bài toán phải cho biết phân tử mARN trưởng thành có bao nhiêu exon. Nếu không cho thì ta phải tính tất cả các trường hợp giải định có thể có.